我國生物燃料乙醇產(chǎn)業(yè)來取得顯著成果，但作為一個新興產(chǎn)業(yè)，生物燃料乙醇產(chǎn)業(yè)的發(fā)展尚處于起步階段，產(chǎn)業(yè)發(fā)展面臨著許多問題。為保障國家糧食安全，以糧食為原料的燃料乙醇產(chǎn)業(yè)發(fā)展受到一定影響；國家雖然鼓勵非糧原料燃料乙醇和纖維乙醇（第二代生物燃料）產(chǎn)業(yè)的發(fā)展，但是受制于非糧原料的供應(yīng)和纖維乙醇技術(shù)成熟度的影響，第二代生物燃料纖維乙醇的技術(shù)發(fā)展有待進一步突破。我國能源主管部門和若干企業(yè)對“非糧”纖維素乙醇寄與厚望，近年來投入大量人力、物力進行開發(fā)，取得了重大進展，但總體上距經(jīng)濟效益真正“過關(guān)”的大規(guī)模產(chǎn)業(yè)化尚有較大距離。
　　目前我國燃料乙醇產(chǎn)業(yè)化應(yīng)用主要存在問題包括：（1）乙醇汽油生產(chǎn)的經(jīng)濟問題。生產(chǎn)成本過高是制約我國生物燃料乙醇產(chǎn)業(yè)發(fā)展的主要因素，因此，要加快燃料乙醇產(chǎn)業(yè)的發(fā)展，必須研發(fā)低成本生產(chǎn)工藝。（2）政府扶持力度減小。我國燃料乙醇產(chǎn)業(yè)發(fā)展的初期，國家通過財政補貼等優(yōu)惠政策促進其發(fā)展，隨后的補貼力度逐漸減小。自2015年1月1日起國家將取消變性燃料乙醇定點生產(chǎn)企業(yè)的增值稅先征后退政策，同時以糧食為原料生產(chǎn)用于調(diào)配車用乙醇汽油的變性燃料乙醇也將恢復(fù)征收5%的消費稅。財政補貼的縮水，糧價上漲，加之原油價格斷崖式下跌，三項疊加使得燃料乙醇行業(yè)環(huán)境急劇惡化，行業(yè)利潤被不斷侵蝕。
　　針對上述存在的問題，我國應(yīng)參照美國、巴西等國家發(fā)展生物燃料乙醇的經(jīng)驗制定強制性可再生燃料標準，規(guī)定運輸燃料中必須摻入一定比例的可再生燃料，以此推動生物燃料乙醇和乙醇汽油的推廣。另外，在可再生能源發(fā)展基金中明確對生物燃料乙醇、尤其是纖維素燃料乙醇項目建設(shè)和產(chǎn)品推廣的常態(tài)化支持，建議綜合利用財政政策、金融政策、稅收政策、價格政策等手段，大力扶持非糧燃料乙醇尤其是纖維素質(zhì)原料生產(chǎn)燃料乙醇。